Hat man einen Web Server z.B. Tomcat im Classpath, dann startet Spring Boot diesen automatisch. Es kann aber sein, das man die selbe Codebasis für zwei Anwendungen benutzt. Es lässt sich das Starten des Webservers steuern. Zum einen über die application.properties und programmatisch.

Spring Boot 2.x

Hier über die Properties:
spring.main.web-application-type=none

oder

public static void main(String[] args) {
    new SpringApplicationBuilder(Application.class)
        .web(WebApplicationType.NONE) 
        .run(args);
}

Spring Boot 1.x

Ab 2.0 haben sie die Bezeichnungen geändert. Zuvor musste die web-environment auf false gesetzt werden.

spring.main.web-environment=false