Verwendet man eine ältere Version des Gradle Wrapper, so kann Gradle –> Refresh Gradle Project folgender Fehler in Eclipse angezeigt werden

unbound classpath container: 'JRE System Library [JavaSE-1.9]' in project 'XXX'

Ursache ist das Eclipse keine JRE für Java 9 finden kann. Es hat sich in Eclispe das Namensschema geändert, so dass eine installierte Java 9 JRE nicht erkannt wird bzw. einen anderen Namen bekommt. Updated man den Wrapper, dann wird beim aktualisieren des Projektes die neue Schreibweise [JavaSE-9] in Eclipse eingetragen und somit auch die JRE erkannt und der Fehler unbound classpath container verschwindet.

Gleiche gilt auch für die neueren Versionen von Java 10 und 11.

Siehe Artikel Wrapper aktualisieren